هناك عدة معوقات لإستخدام الخلايا الجذعية في علاج الأمراض، فحتى يومنا هذا ما زال إستخدام الخلايا الجذعية كطريقة علاجية بطريقة معتمدة محصوراً فقط في علاج أمراض السرطان وبعض الأمراض الوراثية في الدم والمناعة.
وهناك العديد من الدول مثل الولايات المتحدة وبعض دول أوروبا الغربية واليابان ما زالت تحظر إستخدام الخلايا الجذعية في العلاج خارج إطار أمراض محددة، وذلك لعدة أسباب منها قلة عدد الدراسات السريرية الخاضعة لقوانين تلك الدول والتي تقنع السلطات فيها بجدوى إستخدام الخلايا الجذعية في أمراض محددة بالرغم من وجود دراسات كبيرة خارج حدودها وبأعلى المعايير العلمية والأخلاقية. ويعود السبب في قلة عدد الدراسات السريرية في تلك الدول الى عدم إهتمام الشركات المصنعة للأدوية – وهي التي تقوم عادة بمثل هذه الدراسات – بالقيام بمثل هذه الدراسات وذلك لعدم اقتناع هذه الشركات بالجدوى الإقتصادية للعلاج بالخلايا الجذعية بسبب عدم قدرة هذه الشركات على انتاج الخلايا الجذعية بكميات تجارية تمكنها من بيعها في الأسواق بنفس طريقة الأدوية، هذا بالإضافة الى ارتفاع كلفة العلاج بالخلايا الجذعية بسبب الكلفة الباهضة للمستحضرات والأجهزة اللازمة لفصل وتحضير الخلايا الجذعية وكلفة استيرادها والتي تتحكم فيها عادة الشركات المصنعة لهذه المواد تحت بند أجهزة ومستحضرات بحثية.
ويضاف إلى هذه المعوقات أيضاً عدم وجود الوعي اللازم لدى شرائح واسعة من المجتمعات في مختلف الدول عن الخلايا الجذعية وقدراتها المتباينة على علاج مختلف الأمراض، لذلك فإنه لا بد من العمل على تثقيف وتوعية الشعوب بهذا العلم الجديد الذي بلا شك سيكون له الأثر الأكبر في الطب والعلاج في المستقبل.